Св. Николай Софийски е роден в Янина (сега в Гърция). Бил благочестив и с честния си занаят на обущар прекарвал дните си. Когато дошъл в София, заради неговите качества бил забелязан от местните турски големци и на няколко пъти бил принуждаван да приеме тяхната вяра. Веднъж те го поканили на обяд, сложили в питието му приспивателно и като заспал го обрязали по мюсюлманския обряд. Когато се събудил Николай избягал и не излизал от вкъщи цяла година. Турците го поканили да посещава джамията. Той твърдо отказал. Веднага бил арестуван и подложен на тежки изтезания.

На съдебното заседание съдията обявил, че смята праведника за невинен. Въпреки това тълпата го извела извън тогавашна София при местността "Юч бунар" ("Три кладенци"), където бил убит с камъни на 17 май 1555 година. Тялото му било пренесено на гробището наречено "Търницата" и изгорено, а пепелта - разпиляна, за да не остане никакъв спомен от него. Въпреки това, по молба на Матей Граматик едно момче събрало частици от неговите мощи и благочестиви християни тайно ги погребали.

Скоро след кончината на св. Николай Нови Средецкият митрополит Яков обявил канонизацията му на специално свикан за целта събор. Той приел запазените мощи на светеца (части от черепа и костите му), положил ги първоначално в ковчега с мощите на св. крал Милутин в църквата "Св. Архангел Михаил". По-късно част от св. мощи били прибрани в дървен храм.

Гробът на св. Николай Софийски е един от малкото известни гробове на български светци. Днес той се намира в центъра на София, в квартала "Три кладенци". На триста метра от него (в градинката между улиците "Пиротска" и "Опълченска"), се извисява красивият храм, посветен на светия мъченик, който е един от най-големите храмове в България. Храмът е бил издигнат по проект на архитект Антон Торньов и на 3 декември 1900 е бил осветен от софийския митрополит Партений.